1. Mz、RT、分子量的概念
（1） Mz：物质实测质荷比，即质谱分析中测得的物质分子量与电荷之比。
（2） RT：保留时间，即物质在色谱分析中的出峰时间，通常以秒（s）或分钟（min）为单位；用于表征物质在色谱柱中的滞留特性。
（3） Exact_mass：根据分子式计算得出的精确分子量，不含任何加和形式。
2. TIC、BPC、二级质谱图的概念
（1）TIC：Total ion chromatogram，即总离子流图，是根据每个时间点质谱信号强度最高的母离子绘制而成的图谱，TIC 是样品中所有离子的色谱图。
（2）BPC：Base Peak Chromatogram，即基峰色谱图，是色谱分离过程中将每个时间点质谱检测信号最强的碎片离子强度值连续描绘得到的图谱。
（3）二级质谱图：MS/MS Spectrum，是通过将一级质谱中的特定离子进一步碎裂产生的图谱。它显示了碎片离子的质荷比（m/z）和相对强度。简言之，TIC 和 BPC 均为色谱图，横坐标为保留时间，纵坐标是离子响应强度；而二级质谱图则是物质的二级碎片信息，横坐标为 mz，碎片离子，纵坐标是响应强度。
3. FC、log2FC、VIP 的概念
（1）FC：Fold Change，差异倍数，是两组生物样本代谢物丰度的比值，可以帮助评估和量化代谢变化。例如，比较组方式为 A vs B，则FC=MeanA/MeanB；log2FC>0 上调，A 相对于 B 是上调的；log2FC<0 反之。
（2）VIP：Variable Importance in Projection，是(O)PLS-DA 模型变量的变量权重值，来衡量各代谢物的表达模式对各组样本分类判别的影响强度和解释能力，挖掘具有生物学意义的差异代谢物。（即每个代谢物对分类的贡献程度）
4. 如何寻找生物标志物？
（1）物质定量值层面。看差异物质结果，从 VIP、FC、pvalue 几个维度，筛选差异较大、组内平行性较好的物质（VIP 越大、FC 越大、pvalue 越小）。
（2）物质功能层面。查看与研究内容相关的分类或通路中物质有哪些，从中挑选差异较大、组内重复较好的物质。
（3）查文献。直接看哪些物质与表型或实验条件有关，再去数据里找这些物质的数据。
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