1. 宏基因组与微生物多样性的区别？如何选择？
1）实验上的区别：微生物多样性主要针对核糖体小亚基基因序列进行扩增测序（16s rDNA或者18s rDNA），而宏基因组测序只需要对抽提获得的DNA做片段化处理。
2）分析上的区别：微生物多样性测序需要进行OTU聚类，只能研究物种的类别和组成比例，而宏基因组测序需要进行序列组装和评价，同时可从物种、基因和功能层面上进行分析研究。总的来说，微生物多样性主要告诉我们环境里有什么微生物，而宏基因组主要告诉我们环境里的微生物能做什么。
2. 什么是组装？为什么要进行组装？
得到宏基因组序列后，为了去掉接头和低质量序列，需要先进行质控分析，再对基因序列进行组装。组装就是把测序得到的一系列短序列拼接成连续长序列的过程，即就是从短序列拼接到长的Scaffolds序列的过程。
3. 对于宏基因组项目，怎么排除宿主污染？
1）取样时，尽量不要取靠近组织的部位；
2）提取的时候采用相应的试剂盒；
3）若有参考基因组，可通过比对分析去除宿主基因组污染。
4. 如果存在较大的宿主的污染，且没有宿主基因组的参考序列可以进行宏基因组测序吗？
不可以，如果宿主的DNA包含大量的环境DNA，测序之后，会存在严重的污染，暂无已知宿主基因组的序列来进行比对去污染，会影响后续结果分析的准确性，且可用的数据量会很少；但是如果在提取的过程，宿主基因组的污染的量较少，后期的数据分析暂可忽略污染。
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