样本采集与运输
1、采集前准备
1) 所有器械和环境需要消毒灭菌，所有器械（如剪刀、镊子等）需要冰上预冷；
2) 在托盘上放一层冰，然后覆盖上一层锡箔纸，再铺几层无菌布，将个体放在无菌布上进行取样，保持整个取样过程在低温中进行，可以延缓核酸的降解；
3) 使用指定品牌的OCT（樱花牌-4583）或OCT（Leica-FSC 22）进行包埋，OCT使用前在冰上预冷30分钟。
2、植物样本采集
1) 培养基培养样本：在无菌超净台中取出组织，去除组织表面附着的培养基，用超纯水将组织表面清洗干净。从活体植株上取下新鲜目标区域组织置于培养皿中，利用 4℃预冷的镊子和剪刀将目标区域外的组织结构尽量去除，若组织内部存在空腔尽可能修剪组织暴露空腔；
2) 土壤培养样本：将组织从培养土中完整取出，去除土壤及杂质，用超纯水将组织表面土壤及杂质彻底清洗干净。从活体植株上取下新鲜目标区域组织置于培养皿中，利用 4℃预冷的镊子和剪刀将目标区域外的组织结构尽量去除，若组织内部存在空腔尽可能修剪组织暴露空腔；
3) 将目标组织按照下面包埋方法进行包埋。
3、植物组织速冻包埋
方法一 ：直接 OCT 包埋（无需抽真空）
侧根、根尖、叶片、愈伤组织包埋采用直接冷冻 OCT 包埋（无需抽真空）。
1) 将植物组织浸泡在1ml 0.05%吐温20中，湿冰上15min。
2) 将包埋盒放置在冰上，标记包埋盒（组织放置的方向、样品名称等）（可拍照记录），在包埋盒底部加入适量的OCT包埋剂，约1/4深度 ，防止组织沉底直接接触包埋盒底部。
3) 在冰上用镊子轻轻夹住组织，缓慢放入预冷的OCT包埋剂中，直至OCT完全包裹组织。
4) 调整组织在OCT中的位置，尽量将组织放置于包埋盒的中部，保证目标平面与切面水平一致。如果多个组织包埋在一起时一定要将组织放置于包埋盒的中部排列整齐，避免重叠在一起，此过程中避免产生气泡，如有气泡产生，用针尖轻缓挑出气泡或用200 µl枪头吸出气泡。
5) 材料埋好后，快速转移包埋盒到-80°C冰箱，水平放置直到OCT完全凝固。
注意：OCT凝固后将呈现白色不透明状态；保持包埋盒水平放置，否则材料会在OCT凝固前发生位置变化；不推荐液氮速冻或液氮+异戊烷速冻，冰冻速度太快极大可能导致材料在切片时破碎；
6) 包埋后的组织用锡箔纸包住，放入密封袋中密封，放入样本盒在液氮或者-80℃冰箱长期保存，或者放置在干冰上进行冷冻运输。
方法二：抽真空+ OCT 包埋
1) 将植物组织浸泡在 1ml 0.05%吐温20中，湿冰上15min。
2) 取出真空干燥器，拿掉隔板（如有），在真空干燥器底部加入碎冰。
3) 准备培养皿，挤入约容积2/3体积的OCT，提前10-30 min置于真空干燥器中的冰上预冷。
4) 在PVC包埋盒上标记包埋的材料、时间和操作人，在包埋盒底部加入适量的 OCT包埋剂，约1/4深度，防止组织沉底直接接触包埋盒底部；置于真空干燥器中的冰上预冷（如下图）；OCT使用后继续倒插在冰上预冷；
5) 用镊子轻轻夹起剪切好的植物活体材料，尽快放入预冷的OCT的培养皿中；
6) 盖上真空干燥器的盖子，开启真空泵，真空抽滤10min（根据真空干燥器的承压情况选择真空压力值，本操作使用0.06 Mpa）；
7) 梯度降压：缓慢旋转气阀放气，使压力调整至约0.04 Mpa，保持5 min，再次调整气阀，使压力调整至约 0.02 Mpa，保持 5 min，最后完全打开气阀，使压力归零，保持5 min；
8) 进行包埋：从培养皿中取出植物材料，调整材料的方向缓慢放入预冷的OCT包埋盒中，直至OCT完全包裹组织；
9) 调整组织在OCT中的位置，尽量将组织放置于包埋盒的中部，保证目标平面与切面水平一致。如果多个组织包埋在一起时一定要将组织放置于包埋盒的中部排列整齐，避免重叠在一起，此过程中避免产生气泡，如有气泡产生用针尖轻缓挑出气泡或用200 µl 枪头吸出气泡；
10) 材料埋好后，快速转移包埋盒到-80°C冰箱，水平放置直到OCT完全凝固。
注意：OCT凝固后将呈现白色不透明状态；保持包埋盒水平放置，否则材料会在OCT凝固前发生位置变化；不推荐液氮速冻或液氮+异戊烷速冻，冰冻速度太快极大可能导致材料在切片时破碎；
11) 包埋后的组织用锡箔纸包住，放入密封袋中密封，放入样本盒在液氮或者-80℃冰箱长期保存，或者放置在干冰上进行冷冻运输。
注意：OCT凝固后将呈现白色不透明状态；保持包埋盒水平放置，否则材料会在OCT凝固前发生位置变化；如果没有干冰，可以在-80℃冰箱中进行OCT冷冻凝固。不推荐液氮速冻或液氮+异戊烷速冻，冰冻速度太快极大可能导致材料在切片时破碎。
不规范送样示例：
A. 包埋时组织放置靠近最下层，组织未被 OCT 包裹，导致样本 RNA 降解，质检不合格；
B. 组织暴露在空气中，导致样本降解，组织两侧无 OCT 支撑，展片时可能会破坏样本结构；
C. 组织较小，不满足做表达最小 25%的要求；
D. 同一个包埋块包埋了多个样本，但不在同一个平面，并且每一个样本组织过小，覆盖区域有限，可能导致分析有效数据偏低。
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