1. 为什么一定要做Survey?
在不明确基因组大小的情况下,Survey分析是指将测序得到的 reads 打断成 K-mer,通过 K-mer 分析,从数学的角度评估基因组的大小,杂合以及重复等信息。并进行初步组装,从初步组装的 Contig 的 GC 分布图上,判断该物种是否有污染等信息,从而为后续组装策略的制定提供可靠的依据。
2. 除了Survey分析,还有哪些方法评估研究物种的基因组大小?
(1)网站查询
查询植物基因组大小的网站:http://data.kew.org/cvalues
查询动物基因组大小的网站:http://www.genomesize.com
(2)流式细胞仪方法:流式细胞仪是目前比较常用的估计基因组大小的实验方法。