Q1:scRNA与snRNA各有什么特点
scRNA(目前主流样品处理方式,可以比较好地保留细胞亚群特征,非常适合做免疫类研究项目)
1. 悬液制备仅适用于新鲜组织样本,限制了单细胞测序技术的应用范围。很多具有重要科研和临床价值的冻存样本无法通过最新技术进行研究。
2. 某些细胞类型的丢失,一些较为敏感的细胞(神经元、肝实质)可能会因为解离过程而破碎。
3. 细胞较大、形状不规则等组织类型不适合 ,如心脏类组织、成熟脂肪细胞等。
snRNA
1. 取样更简单,新鲜组织速冻即可,保存在-80℃的样品可以重新启用(冻存样品)。
2. 脑神经类、成熟脂肪类、心肌细胞类抽核最佳(解离过程容易死或细胞较大)。
3. 抽核方法,对免疫类细胞的影响较大。
Q2:scRNA-seq和snRNA-seq怎么选?

Q3:实体组织解离 or 抽核会拿到不同的细胞占比?
(1)解离会得到更多的免疫细胞占比,当然也会拿到内皮、上皮、成纤维等类型细胞。一些大细胞如神经元(脑)、心肌细胞(心脏)、多核化的骨骼肌细胞(老年的肌肉)、成熟脂肪细胞(脂肪)等拿不到或者拿到的很少。
(2)抽核会得到更多的实质细胞占比,比如肝实质细胞,肾小球足细胞等,当然也包括上述大细胞。
注意:肝脏样本通过解离的方式拿不到肝实质细胞,即使拿到肝实质细胞占比也非常小,
原因:肝实质细胞酶的耐受性很差,非常容易破裂死亡。因此,如果特别关注肝实质细胞,建议采用抽核的方式。
Q4:植物组织样本,拒收样本情形:
×拒收类型1:带土和其他杂质的样本
带土样本在进行单细胞实验前还需二次清洗,样本冻融和杂质残留极大影响数据质量。
×拒收类型2:样品未擦干液体,出现冰晶
组织表面残留的水分在冻存过程中会形成冰晶,可能导致细胞结构破坏、细胞核破裂或RNA降解,影响后续实验结果。
×拒收类型3:未分离目标组织
公司内部将不再对目标组织样本进行分离。
×拒收类型4:样品较老
黄化、萎蔫的叶子,木质化程度高的茎秆、树皮,或储存多年的种子,凋谢前的花朵等。
×拒收类型5:锡箔纸送样
锡箔纸本身很薄,很容易在取样中发生反复、局部的冻融。每一次冻融都会导致冰晶形成,从而造成组织严重降解。
Q5:生物学重复设置多少?
建议生物学重复 ≥ 3个
