1. 细菌基因组为何容易获得完成图?
细菌基因组通常较小(一般小于10Mb,多数在4-5Mb),多为单条环形染色体,基因区占比高(通常80%以上),重复序列相对较少,且基因中不含内含子,这些特点使其比动植物等复杂基因组更容易组装成完整图。
2. 完成图与基因组测序有何区别?
基因组测序根据组装程度分为框架图、精细图和完成图。框架图碎片化,覆盖度约95%;精细图连接更多scaffold,覆盖度约98%;完成图则追求完整无间隙的基因组序列,是最高精度的组装结果。
3. 完成图能否保证0 gap?
一般情况下,若满足以下条件,可保证0 gap或≤3个contig:
(1)基因组大小≤6Mb;
(2)样品无污染(包括种内和种间污染);
(3)染色体+质粒总数≤4;
(4)转座子或重复序列占比≤20%,最长重复序列≤20kb;
(5)GC含量在30%-70%之间;
(6)DNA质量符合三代测序要求(如无降解、无杂质)。
若超出上述范围,可能无法保证0 gap,但可通过优化策略尽量提高组装完整性。
4. 致病菌能否做完成图?
部分致病菌可做完成图,但传染性极高的菌种可能因安全限制无法承接。需提供菌的拉丁名,由测序公司评估后决定是否接受项目。