三代全长转录组是指通过长度长测序技术直接对完整的mRNA进行测序，可以克服传统二代转录组Unigene拼接较短、转录本结构不完整的缺陷，从而获得包含5’UTR、3’UTR、poyA尾巴的转录本全长序列及完整结构信息。
应用场景
（1）完善转录本，侧重可变剪接；辅助基因组注释
（2）筛选不同环境下的差异表达基因或转录本
（3）差异动态转录组；比较转录组
技术路线
三代全长转录组优势
1. 长读长（平均读长10-15K），可一次将真核生物的全长转录本信息读取完整；
2. 无需进行片段打断和拼接，避免出现组装错误；
3. 基于全长转录组测序得到的完整准确的转录本信息，结合二代数据，方便识别特异性表达且做更加精确的基因和转录本表达定量。
4. 针对有参考基因组的物种，全长转录组信息可以纠正基因组的错误组装、更准确地发现新的转录本和基因、分析基因融合事件等。
5. 无需链特异性建库，全长转录组测序可直接获取正义链、反义链及部分LncRNA信息
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